Tussen november 2007 en februari 2008 is de eerste berekeningsmethode voor PROTIDE ontwikkeld. Het is uitgebracht in een prototype versie via http://protide.chartasoftware.com/.
PROTIDE moet een probabilistiche methode hebben om tijpoort adviezen te berekenen. Deze methode is gebaseerd op de waarschijnlijkheid dat een bepaald schip, met een bepaalde lading, dat vaart met een richting en snelheid onder bepaalde omstandigheden de bodem van de vaargeul raakt. Door het combineren van statistieken rond deze invoergegevens en het simuleren met de variaties is een methode ontwikkeld die deze waarschijnlijkheid op ieder moment en ieder locatie kan berekenen. Het vergelijken hiervan met een 'cut off criterium' geeft een overzicht van veilige "tijd locatie intervallen". De laatste stap is het vinden van een route door deze intervallen om een vielige route te maken en daar bij een veilig tijpoort advies.